Checkpointing für langlaufende Berechnungen

CIW - Folge 155 - 15.10.2025 - Apptainer

• Wir begrüssen alle Hörerinnen und Hörer zur Folge 155 von "Captain it's Wednesday", dem Podcast über Freie Software und Freie Gesellschaft von GNU/Linux.ch, aufgenommen am 11. Oktober von Götz und Ralf Hersel. In dieser Folge sprechen wir über ein sicheres, portables und benutzerfreundliches Containersystem.

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Thema: Apptainer

• Was ist Apptainer: Paketiere Software auf deinem Laptop, rechne auf dem HPC Cluster und publiziere den Code für Reproduzierbarkeit https://www.nature.com/articles/533452a in einer Datei.
• Aus der Dokumentation:
• Verifizierbare Reproduzierbarkeit
• Verifizierbare Signatur
• Verschlüsseltes Publizieren
• Integration (Zugriff auf Netzwerk, Dateisystem, Beschleuniger) über Isolation
• Alles in einer unveränderlichen Datei
• Einfache Sicherheitsmodell: Im Container bist du der gleiche Nutzer*in wie auf dem Host
• Bauen eines Containers:
• Mit einem Definition-File (.def) auf Basis verschiedener Quellen (Docker, Apptainer, ...) eigenen Apptainer bauen.
• Erzeuge ein Verzeichnis und passe es in der Shell an.
• Erzeuge weitere Images die das ursprüngliche Image alternieren.
• Verwenden des Containers:
  • Shell
  • Script
  • Services
• Erweiterbar durch Plugins.
• Unterstützt MPI (Message Passing Interface) über verschiedene Compute-Nodes
• Richtlinien über Netzwerk, eingebundene Verzeichnisse und Rechenressourcen sind einfach zu übergeben.
• Checkpointing: Speichere einen Apptainer während dieser läuft und starte diesen in dem Zustand später neu.

Outro

• Euer Feedback ist uns wichtig. Ihr könnt uns über Matrix, Mastodon oder per E-Mail erreichen. Die Adressen findet ihr auf unserer Webseite.
• GNU/Linux.ch ist ein Magazin, in dem die Community für die Community interessante Artikel erstellt und im Podcast darüber diskutiert. Helft mit, die Infos für die Community zu bereichern. Wie das geht, erfahrt ihr hier.

Quellen

• https://apptainer.org/
• Weitere Quellen im Text